Trên thực tế, sự chuẩn bị cho đòn tấn công này đã bắt đầu khởi động từ cuối giai đoạn chiến lược Chiến tranh đặc biệt. Theo PGS-TS-Đại tá Hồ Khang, Phó Viện trưởng Viện Lịch sử Quân sự Việt Nam thì "Kế hoạch Xuân Mậu Thân có nguồn gốc từ những kế hoạch ban đầu chúng ta hình thành mà một số nhà nghiên cứu gọi là kế hoạch X. Kế hoạch này được khởi phát vào lúc mà cuộc chiến ở miền Nam đang tiến dần đến sự thay đổi, chiến lược chiến tranh đặc biệt của Mỹ tiến hành ở miền Nam đang sa lầy, thất bại". Đại tá Nguyễn Đức Hùng (Tư Chu) - nguyên Chỉ huy trưởng lực lượng biệt động Sài Gòn-Gia Định cho biết: "Tháng 5-1964, tôi được thuyên chuyển về phụ trách một đơn vị mà hồi đó gọi là F100 - biệt động của quân khu Sài Gòn-Gia Định. Sau này dần dần tôi mới biết rõ đơn vị này tổ chức ra để nhằm phục vụ cho ý đồ tập kích chiến lược. Hồi đó, tôi được lệnh là mọi thứ phải chuẩn bị xong trước tháng 12-1965". Nhưng việc Mỹ đổ quân vào bãi biển Đà Nẵng tháng 3-1965 đã làm trì hoãn việc thực hiện kế hoạch X. Quân Giải phóng tiếp tục chuẩn bị, khi nào có thời cơ sẽ đánh.[20]

Tháng 6-1967, Bộ Chính trị và Quân ủy Trung ương, Trung ương Cục tính toán một chiến lược có ý nghĩa quyết định, tạo bước ngoặt cho chiến tranh. Theo đó, nếu không tranh thủ thời cơ, đi sớm một bước thì sang năm 1968, cách mạng miền Nam sẽ gặp bất lợi lớn khi quân đội Mỹ, dưới áp lực của dư luận nước Mỹ, buộc phải dốc toàn lực thực hiện một hành động quân sự lớn để phá vỡ thế bế tắc và kết thúc chiến tranh theo cách Mỹ muốn. Mặt khác, năm 1968 cũng lại là năm bản lề trước cuộc bầu cử tổng thống Mỹ, khi mà các mâu thuấn chính trị tại Mỹ bị đẩy lên cao và dư luận Mỹ đặc biệt quan tâm tới tình hình thời sự chính trị. Bộ Chính trị và Quân ủy Trung ương chỉ thị là trong dự thảo kế hoạch, cần phải tính đến các “yếu tố chính trị” sẽ diễn ra vào năm 1968 tại Mỹ, nhằm khoét sâu vào mâu thuẫn chính trị tại Mỹ trong năm này. Theo nhận xét của sử gia Mỹ Merle L. Pribbenow, chỉ thị này đã được thực tế chứng minh là chính xác, việc dự đoán thành công và biết khai thác điểm yếu chính trị của phía Mỹ đã tạo nên chiến thắng của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa trong chiến dịch[12].

1 trung đội quân chủ lực của Quân Giải phóng miền Nam Việt Nam năm 1968

Do đó, Bộ Chính trị chủ trương: "Nhân lúc đế quốc Mỹ đang đứng trước thế tiến lui đều khó, lại phải tập trung vào cuộc vận động bầu cử Tổng thống Mỹ, ta cần chuẩn bị đánh một đòn quyết định tạo chuyển biến nhảy vọt cho cuộc đấu tranh cách mạng ở miền Nam, buộc Mỹ phải thua." Theo Đại tá Vũ Ba, nguyên cán bộ tham mưu Miền, "... thời cơ lịch sử có thể xảy ra trước hoặc sau năm 1968. Nhưng chắc chắn nó phải rơi vào đúng thời điểm sức mạnh và quân số Mỹ có mặt ở miền Nam lên đến đỉnh điểm nhưng họ không thể giành được thắng lợi quyết định. Và thời điểm đó chính là Mậu Thân 1968. Lúc đó, tiềm lực kinh tế, quân sự, khoa học kỹ thuật của Mỹ gấp 800 lần Việt Nam. Các nhà bình luận phương Tây nhận định: Mỹ là một nước rất mạnh đem quân đánh một nước rất nhỏ, đã đem hết sức mình ra mà không đánh thắng nổi và phải bỏ cuộc, thì có nghĩa là Mỹ đã thua". Cố Trung tướng Nguyễn Đình Ước, Viện trưởng Viện Lịch sử Quân sự Việt Nam, bình luận: "Nếu năm 1967 ta đã tiến công như tết Mậu Thân thì không được. Westmoreland bảo: "Tôi chưa thực hiện xong kế hoạch ba năm tiêu diệt gãy xương sống Việt cộng. Chiến tranh cục bộ chưa đến đỉnh cao. Các anh chưa cho tôi quân hết, phải đánh ít nhất một năm nữa". Nếu ta để năm 1969, quá đi một năm, qua bầu cử tổng thống Mỹ rồi thì chưa chắc áp lực đã mạnh đến mức Johnson phải từ chức như thế".[20]

Tháng 7 và tháng 8-1967, Cục Tác chiến Bộ Tổng tham mưu bắt tay xây dựng kế hoạch tác chiến chiến lược cho năm 1968 theo tinh thần Nghị quyết Bộ Chính trị tháng 6 và chỉ thị của Quân ủy Trung ương.

Tướng Văn Tiến Dũng, Tổng Tham mưu trưởng gợi ý cho "Tổ kế hoạch" do Cục trưởng Cục Tác chiến Lê Ngọc Hiền phụ trách là nên nghĩ đến kế hoạch và cách đánh khác cách đánh "truyền thống" mà lâu nay quân Giải phóng vẫn làm, thì mới có thể giành thắng lợi quyết định. Trong khi "Tổ kế hoạch" còn đang suy nghĩ tìm cách đánh mới, thì TBT Lê Duẩn khi trao đổi với Quân uỷ Trung ương về kế hoạch chiến lược năm 1968 đã đề xuất giải pháp đánh thẳng vào sào huyệt địch trong các thành phố, thị xã. Ý kiến của Lê Duẩn được Quân uỷ Trung ương và Tổng Tham mưu trưởng Văn Tiến Dũng tán thành và trở thành ý định quyết tâm chiến lược năm 1968: chuyển hướng tiến công chiến lược chủ yếu từ rừng núi, nông thôn vào đô thị - nhất là Sài Gòn, Huế, Đà Nẵng. Tổng bí thư Lê Duẩn nói: "Mỹ không còn con đường nào khác là phát huy sức mạnh quân sự. Đối phó với âm mưu này của Mỹ, ta phải đưa hoạt động quân sự lên một bước mới, đến mức Mỹ không chịu nổi và phải chấp nhận thất bại về quân sự, cô lập về chính trị. Nếu ta thực hiện được, Mỹ sẽ phải rút khỏi miền Nam"[21]

Trong khoảng thời gian này, sức khỏe của chủ tịch Hồ Chí Minh bị sa sút, nên phải gác lại công việc và đi Trung Quốc chữa bệnh. Tuy nhiên với bề dày kinh nghiệm, uy thế to lớn trong Đảng Lao động và nhân dân, mọi quyết sách lớn vẫn phải được phê duyệt bởi chủ tịch. Do vậy, cuối tháng 7/1967, chủ tịch Hồ Chí Minh đã có một chuyến về nước ngắn để nghe Quân ủy Trung ương trình bày kế hoạch. Chủ tịch Hồ Chí Minh đã lưu ý những điểm sau:
1. Dự thảo báo cáo tốt, toàn diện, nhưng cần xem báo cáo của Quân ủy có chủ quan không
2. Tranh thủ giành thắng lợi sớm, nhưng phải chú ý đánh lâu dài.
3. Thuận lợi có nhiều nhưng phải thấy những khó khăn như mặt hậu cần bảo đảm.
4. Nói giành thắng lợi quân sự, nhưng phải chú ý đến việc giữ sức dân.
5. Phải chú ý mở rộng chiến tranh du kích, tăng cường trang bị cho du kích.
6. Phải làm sao ta càng đánh càng mạnh, đánh liên tục, đánh được lâu dài (nghĩa là có khả năng thực hiện một cuộc chiến tranh lâu dài)[22]

Tháng 10-1967, trong các ngày từ 20 đến 24, Bộ Chính trị họp Bàn về kế hoạch chiến lược Đông - Xuân - Hè 1967 – 1968. Tham gia hội nghị này có Uỷ viên Bộ Chính trị Trường Chinh, Phạm Văn Đồng, Nguyễn Duy Trinh, Lê Thanh Nghị, Văn Tiến Dũng, Trần Quốc Hoàn, Lê Đức Thọ. Tuy nhiên cả ba nhân vật quan trọng nhất là Hồ Chí Minh, Lê Duẩn và Võ Nguyên Giáp đều vắng mặt do phải đi chữa bệnh ở nước ngoài.[cần dẫn nguồn]

Bộ Chính trị đề ra ba mức trường hợp:[19]

• Một là, giành thắng lợi to lớn ở các chiến trường quan trọng, công kích và khởi nghĩa thành công ở các đô thị lớn, ý chí xâm lược của Mỹ bị đè bẹp, phải chấp nhận thương lượng đi đến kết thúc chiến tranh theo mục tiêu, yêu cầu của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.
• Hai là, giành được thắng lợi quan trọng ở nhiều nơi, nhưng Mỹ vẫn còn lực lượng, dựa vào các căn cứ lớn và tăng thêm lực lượng từ ngoài vào phản công giành lại những vị trí quan trọng và các đô thị lớn - nhất là Sài Gòn để tiếp tục chiến tranh.
• Ba là, Mỹ tăng cường lực lượng, mở rộng chiến tranh ra miền Bắc, sang Lào và Campuchia, buộc quân Giải phóng phải lui về thế thủ, hòng xoay chuyển cục diện chiến tranh và gỡ thế thua về chính trị.

Bộ trưởng Quốc phòng Võ Nguyên Giáp

Về sách lược: Bộ Chính trị đề ra tập trung mũi nhọn đấu tranh nhằm phân hoá, chia rẽ và cô lập Mỹ và chế độ Sài Gòn của Thiệu-Kỳ. Tiếp tục phổ biến thực hiện cương lĩnh Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam. Lập mặt trận thứ hai (chuẩn bị người cụ thể trước), tiến tới lập chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hoà miền Nam Việt Nam. Kêu gọi các tầng lớp nhân dân, các tôn giáo, binh lính Sài Gòn đoàn kết với Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam, trung lập Mỹ, đánh đổ Thiệu - Kỳ, thương lượng với miền Bắc. Lập Chính phủ liên hiệp ba thành phần lấy Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam làm nòng cốt. Các sĩ quan cao cấp của Bộ Tổng Tham mưu chỉ thị: cần tính đến các "yếu tố chính trị" – cuộc bầu cử tổng thống Việt Nam Cộng hòa vào tháng 9 năm 1967 và cuộc bầu cử tổng thống Mỹ vào tháng 11 năm 1968.

Về ngoại giao: nhằm phục vụ cho công kích và khởi nghĩa, Bộ Chính trị nêu rõ là phải tranh thủ cao độ sự ủng hộ của các nước xã hội chủ nghĩa. Trong tình hình Liên Xô - Trung Quốc đang có chia rẽ sâu sắc, Bộ Chính trị chủ trương giữ quan hệ tốt với cả hai nước, tránh việc quá nghiêng về 1 bên sẽ làm xấu quan hệ với nước còn lại.

Qua thực tế chiến trường, những ý đồ chiến lược đã dần dần hình thành, từng bước trở thành những quyết sách: Tổng tiến công và nổi dậy, đánh thẳng vào sào huyệt của địch trong các thành phố và thị xã. Từ Kế hoạch chiến lược năm 1968 do Bộ Tổng tham mưu chuẩn bị, hai cuộc họp Bộ Chính trị tháng 10 và tháng 12-1967 đã ra nghị quyết và trở thành Nghị quyết của Hội nghị lần thứ 14 Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khoá III), quyết định chuyển cuộc chiến tranh cách mạng ở miền Nam sang một thời kỳ mới, thời kỳ giành thắng lợi quyết định.[23]

Sau khi thảo luận kỹ khả năng đánh thành phố của lực lượng vũ trang và khả năng nổi dậy của quần chúng, Bộ Chính trị thông qua phương án tổng công kích, tổng khởi nghĩa do Bộ Tổng tham mưu soạn thảo đã được Quân uỷ Trung ương nhất trí. Phương án xác định chiến trường trọng điểm là Sài Gòn - Gia Định, Đà Nẵng, Huế, hướng phối hợp chiến lược quan trọng là Đường 9 - Khe Sanh. Cụ thể là:

Cùng với đòn tiến công của bộ đội chủ lực ở hướng phối hợp chiến lược đặc biệt quan trọng là Đường 9 - Khe Sanh nhằm thu hút, giam chân lực lượng chiến lược của địch, một đòn tiến công chiến lược đánh vào thành phố, thị xã quy mô trên toàn miền Nam, kết hợp với nổi dậy của quần chúng các đô thị và nông thôn, mở đầu cho tổng công kích, tổng khởi nghĩa, lấy chiến trường chính là Sài Gòn - Gia Định, Đà Nẵng, Huế, trọng điểm là Sài Gòn, Đà Nẵng, Huế và các thành phố lớn.

Theo đó, trước Tết Mậu Thân 10 ngày, quân Giải phóng sẽ nổ súng mở màn Chiến dịch Đường 9 - Khe Sanh, tiến công vào tập đoàn cứ điểm Khe Sanh để buộc Mỹ phải chú ý tập trung điều lực lượng chủ lực ra phía bắc đối phó, tạo điều kiện để giữ bí mật hướng trọng điểm và tiếp tục chuẩn bị.[24]

Lịch sử các cuộc chiến tranh trên thế giới cũng như ở Việt Nam, theo nghệ thuật "truyền thống" thì giai đoạn kết thúc chiến tranh, thông thường một trong các bên tham chiến thực hiện đòn đánh tiêu diệt chiến dịch lớn hoặc đánh tiêu diệt chiến lược lực lượng quân sự, chính trị đối phương, buộc chúng phải chịu thua. Tuy nhiên so sánh tương quan quân Giải phóng và quân Mỹ về quân số, vũ khí trang bị, sức cơ động và tính hiện đại đều thua kém nhiều lần, nên việc đánh tiêu diệt chiến dịch, chiến lược đối với quân viễn chinh Mỹ là điều gần như không thể thực hiện được. Do đó Bộ chính trị chủ trương: "Phải tìm cách đánh mới khác cách đánh truyền thống là đánh bại ý chí xâm lược của Mỹ bằng phương pháp tổng tiến công đồng loạt đánh vào các trung tâm đầu não chính trị, quân sự ở các thành phố, thị xã. Tiến công vào các thành phố, thị xã sẽ tạo ra bất ngờ lớn đối với địch, làm đảo lộn thế bố trí chiến lược của chúng, làm rung chuyển nước Mỹ. Qua đó, ta chứng minh cho Mỹ thấy chúng không thể thắng trong cuộc chiến tranh này, chúng đang đứng trước nguy cơ thất bại hoàn toàn, do đó phải tìm giải pháp chấm dứt cuộc chiến tranh xâm lược, rút ra khỏi cuộc chiến tranh Việt Nam."[25]